学校的办学历史可追溯至新中国建立初期，在1951年9月到1953年7月，为在短时期迅速恢复和建立国家基础工业体系，经东北人
民政府、中央人民政府燃料工业部筹划和批准，分别成立了长春土木建筑**职业学校、长春测量地质技术学校和长春水力发电工程学校。
20世纪80年代中期以前，三所学校均几经易名，隶属关系和办学层次多次变更，主要归属原冶金工业部和水利电力部管理，为冶金建筑、冶金地质和水利水电行业培养一线专门技术人才。
1984年到1985年，经教育部批准，三所学校分别升格为长春建筑专科学校、长春冶金地质专科学校和东北水利水电专科学校。在20世纪90年代到21世纪的十余年办学历程中，有4项教学改革成果获***教学成果二等奖，教务处曾两次被教育部评选为"全国普通高校**教务处";1997年，三校均被教育部遴选确定为全国示范性高等工程专科重点建设学校。
1996年开始，三所学校陆续招收并培养建筑工程等16个专业本科生。
2000年3月，教育部正式批准长春建筑高等专科学校、长春工业高等专科学校、长春水利电力高等专科学校合并组建长春工程学院。合校后，学校 办学规模得到扩大，教育事业快速发展，办学水平不断提高，综合实力明显增强，建成了以建筑、地质、水利、电力、机械、电气工程等工科专业为主，工学、管理学、文学、理学和艺术等学科门类交叉共存的人才培养结构和具有应用型教育特色的教学型大学，凝练形成了"以应用能力和工程素质为主线，努力培养面向基础工业基层一线的应用型**专门人才"的人才培养特色。学校曾多次被吉林省政府、长春市政府授予"模范单位"、"文明单位标兵"等称号，学校党委被长春市委授予"先进党委"称号。
2007年2月，经中国人民解放军总政治部和教育部批准，学校成为全国具有国防生招生资格的七十所大学之一。[1]
2011年9月，学校被教育部正式批准为实施"卓越工程师教育培养计划"高校。
2011年10月，学校被国务院学位委员会确定为"服务国家特殊需求人才培养项目--学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生"试点单位，开始在水利工程、建筑与土木工程领域招收培养硕士研究生。
2017年8月15日，吉林省人民政府、国家安全生产监督管理总局就共建长春工程学院正式签订协议。
2018年1月，学校被教育部认定为“新工科”综合改革类项目实施高校。
继续教育学院现设有应用化学、机械设计制造及其自动化、焊接技术与工程、能源与动力工程、新能源科学与工程、电气工程及其自动化、电子信息工程、计算机科学与技术、土木工程、建筑环境与能源应用工程、给排水科学与工程、道路桥梁与渡河工程、水利水电工程、水文与水资源工程、测绘工程、勘查技术与工程、农业水利工程、环境工程、建筑学、城乡规划、安全工程、工程管理、工程造价、工商管理、财务管理、25个专升本专业。电气工程及其自动化、工程造价、土木工程、水利水电工程、安全工程、5个高起本专业和水利水电建筑工程、建筑工程技术、2个专科专业。目前学院共有在籍函授学员 2.8万余人。为吉林省地方经济和建筑、水利、电力、地质等基础工业行业发展做出了应有的贡献。